错构瘤的治疗方式，主要是进行根治性的手术切除，因为错构瘤绝大多数是良性肿瘤，恶性的非常少见，所以一旦确诊错构瘤，可以进行手术的切除。
在临床上常见的错构瘤，主要是发生在肺的肺错构瘤、发生在肾的肾错构瘤，和发生在肝脏的肝错构瘤。
对于肺内的错构瘤，可以进行肿瘤的摘除手术，必要的时候，可以进行肺的楔形切除手术，来根除肺错构瘤。
如果是肾的错构瘤，可以进行肾脏肿瘤的剜除术，肾的部分切除术等。
如果错构瘤发生在肝脏，可以做肝脏的部分切除术，或者肝脏的肝叶切除术。