扁桃体隐窝是扁桃体的正常组织开口，位于半月壁之下的隐窝，是扁桃体中最大和最高的隐窝。通常扁桃体上有6-20个隐窝，扁桃体隐窝开口于扁桃体表面，细菌通过被膜扩散到扁桃体实质内导致扁桃体炎，累及上极半月襞，容易导致局部周围脓肿。扁桃体隐窝内没有黏液腺，因此当扁桃体发炎时，脱落细胞、白细胞、淋巴细胞以及各种细菌会在隐窝开口处积聚，称为隐窝栓塞。扁桃体隐窝是扁桃体结石最常见的部位，当结石嵌顿时扁桃体会肿胀、疼痛、发炎。因此最好的方法是锻炼身体，避免感冒，饭后漱口，避免食物残留，避免扁桃体发炎。如果扁桃体隐窝中有东西残留或扁桃体结石形成，可以行扁桃体切除术根治。