如果新生儿患有先天性甲状腺功能减退症，会出现下面的临床表现：
1、出现代谢率的下降，因为甲状腺素可以促进人体的正常代谢功能。在新生儿体内甲状腺素水平低下的时候，新生儿的心率、呼吸是比较慢的，尤其新生儿的心率是比较慢的。
2、出现胃肠蠕动功能的下降，新生儿出现甲减以后，会出现腹胀、顽固性的便秘等。新生儿甲状腺功能减退以后，也会出现面部的黏液性水肿。如果新生儿出现以上的甲状腺功能减退的症状以后，要及时给新生儿进行甲状腺素的替代治疗，可以有效的预防并发症的出现。