肛瘘手术后3个月肛周仍有分泌物，考虑两种情况：
一、肛瘘手术后会形成手术的疤痕，疤痕和原来正常的皮肤或者肛周皮肤的弹性有区别，会导致肛门的闭合不紧。肛门闭合不紧，直肠内的肠液就会通过闭合不紧的地方渗出到肛外，导致分泌物的增加。
二、肛瘘手术时，术中内口没有完全处理干净，导致术后复发，建议去正规的医院找肛肠专科的医生进行检查，做肛门指诊，然后做肛周的彩超或者磁共振来明确原因。