慢性肠胃炎的药物治疗包括对因治疗和对症治疗，具体如下：
1、对因治疗往往是查找原因，如果是细菌感染所引起，抗生素的运用才能有效的缓解症状。如果是寄生虫所引起，比如阿米巴肠病，只有甲硝唑可能才有比较好的治疗效果。如果是溃疡性结肠炎，根据环境、免疫以及感染等综合因素导致的疾病，只有特殊的药物，比如美沙拉嗪、糖皮质激素或者生物制剂才能有效的治疗疾病。
2、对症治疗，慢性肠胃炎最常见的症状就是腹痛、腹泻，所以针对症状可以采取不同的药物，如果是以腹痛为主，可以用一些解痉药，如匹维溴铵。如果是腹泻非常严重，可以用一些轻度的止泻药，比如蒙脱石散。肠道微生态制剂，比如双歧杆菌和乳酸杆菌在治疗中也是有一定作用。