扁桃体发炎可能会反复发作，最简单的方法就是手术切除双侧扁桃体，可以说是一劳永逸。如果是扁桃体的急性炎症，其致病菌很多是乙型溶血性链球菌，也可以是其它的细菌以及病毒。
所以治疗方面首选的药物是青霉素类的药物，如果青霉素类的药物效果不佳，可以选择第二代头孢治疗，根据病情轻重程度选择口服或者静脉用药。如果患者出现扁桃体周围脓肿，可以静脉给予第三代头孢，同时合用甲硝唑或者单独使用喹诺酮类抗生素治疗，经过积极治疗多数患者预后良好。