当支原体、衣原体感染经上呼吸道，向下呼吸道蔓延形成支气管炎时，突出的症状就是咳嗽，其咳嗽通常较为剧烈，以干咳为主且痰少，偶有白黏痰，随着疾病的进展，咳嗽的频率也会逐渐加重，有时患者因咽痒或气道高反应性，在接触外界刺激的粉尘、冷空气、油烟时会诱发咳嗽加重。如此时病情仍未控制可以形成支原体、衣原体肺炎，患者可以出现持续性的咳嗽，部分患者因剧烈的咳嗽，引起胸部肌肉张力增高而出现胸痛的症状。此时多需要予以大环内酯类、氟喹诺酮类、四环素类抗生素抗感染治疗，配合适当的镇咳药物，患者咳嗽多能逐渐缓解，但临床上少数患者在感染控制后，仍有咳嗽迁延不愈的症状，有时咳嗽会持续2-4周才逐渐缓解。