肛门指检是肛肠科医生常用的检查方法，通过手指对肛门周围及肛门内肠管的触摸，判断直肠肛门有无病变。通过肛门指诊可以判断肛门周围有无硬结、肿物、压痛，有无波动感，并可以检查肛门外皮下有无瘘管。
肛门内指诊可以判断肛门括约肌有无松弛，直肠黏膜有无脱垂，肛门内有无瘘管、索条及瘘管内口，肠壁有无压痛及包块。如有包块，通过触摸可以初步判断包块的位置、大小、硬度、活动度，以及是否伴有出血等。可以说通过肛门指诊能够发现肛门区直肠肿瘤、直肠息肉、痔疮、肛瘘，以及肛门直肠周围脓肿、肛裂等多种肛门区病变。