酪酸梭菌活菌片说明书未明确指出服药的具体时间，说明服药时间对药效影响不大，饭前吃或者饭后吃都是可以的。不过从最佳服药时间的角度考虑，需要具体问题具体分析。饭前服药的优点是可以减少食物对药物吸收的影响，提高药物的安全、稳定性，发挥药物的最佳功效，而饭后服药是为了减少药物对消化道系统的刺激，减少胃肠道不良反应的发生。
酪酸梭菌活菌片不良反应相对较少，但也有少数患者服用后出现腹痛、恶心、食欲不振等消化道不良反应。出现胃肠道不良反应的患者或者脾胃功能较弱的患者，饭后服用，可以减少不良反应的发生。反之，饭前服药会更有利于药物的吸收，注意此药应避免与抗菌药物同服。