肝癌早期最有效的检查方法是动态增强磁共振、动态增强CT、普美显磁共振，肝癌患者可以进行多项检查明确诊断，如血清肿瘤标志物、甲胎蛋白检测、肝脏彩色超声造影、肝脏动态增强磁共振，或动态增强CT、肝脏穿刺病理活检等。
在上述检查手段中，肝占位穿刺病理、组织学检查和(或)细胞学检查，是诊断肝癌的金标准。由于肝穿刺属于有创性检查，而且由于约定俗成和多种原因，在全身多种恶性肿瘤中，只有肝癌可以通过临床诊断标准确诊。临床诊断标准中明确，动态增强磁共振和(或)动态增强CT、普美显磁共振，是最有效确诊肝癌的影像学检查方法。只有当影像学检查不能明确肝占位性质时，才进行肝穿刺活检明确诊断。