怀孕三周肚子疼的原因可能有以下几个方面：
第一个原因，胎儿在母体里发育异常造成的，比如胎儿在母体子宫里面的位置不当或者胎儿在宫内发生了缺氧，也会导致胎儿在宫内运动加速，从而刺激母体，导致孕妇肚子疼。
第二个原因，孕妇有先天性疾病，比如孕妇有慢性胃炎、慢性胃肠炎以及萎缩性胃炎等，这些都有可能导致孕妇子疼。
第三个原因，可能是孕妇精神过度紧张所导致，消化道受交感神经和副交感神经支配，这些神经都是自主神经，是人体无法控制的，所以当孕妇情绪紧张或者焦虑的情况下就会导致肚子疼。
第四个原因，可能是孕妇不注意饮食造成的，比如饮食不规律或者吃了不干净的食物。