引发丛集性头疼的原因，目前尚不清楚，可能和组胺的分泌有关系，但是这只是一个假说。丛集性头疼目前认为是原发性、特发性的头疼，和偏头疼、紧张性头疼一样，都是良性特发性头疼。丛集性头疼的特点是以一侧的眶周作为最主要的发起地，伴有前额部巨疼的疾病。可以很长时间不发作，但是一发作的时候就会发作得非常频繁。
一天可能会发作十几次或者是几十次，头疼的时候伴有患侧眼睛结膜的充血、流泪、流鼻涕，甚至于有眼睑水肿的情况。发作的时候，饮酒可以引发头疼的发作，用于治疗最好是吸高压氧或者是纯氧，可以缓解疼痛。