早晨起来后两个大拇指关节疼痛，主要考虑有以下几个方面的疾病：
1、类风湿性关节炎，是由于免疫复合物沉积于关节内而导致的关节肿胀、疼痛，特别在手上的关节更为明显，而且为对称性，晨僵现象明显，活动后可减轻，一般类风湿性因子阳性。
2、双侧拇指腱鞘炎，常见于拇指活动过于频繁的患者，表现为关节处腱鞘肿胀、疼痛，无菌性炎症明显，严重者会导致伸屈功能受限，通过体格检查即可明确。
3、双侧拇指痛风性关节炎，常见于高尿酸血症的患者，在进食含有嘌呤类食物以后血尿酸急剧升高，而出现尿酸沉积于关节腔内，表现为关节肿胀、疼痛和活动受限，做抽血检查可以明确。