乙脑疫苗分为灭活疫苗和减毒活疫苗，在第一次接种时如果为灭活疫苗一般很少发生副作用，在加强时容易出现全身搔痒以及头晕等不良反应。而减毒活疫苗发生率较低，极少数会出现局部的接种疼痛和发烧等全身症状，但症状较轻。
如果除低烧以外精神状态良好，一般不需要过度担心观察即可，多数在一至二天后体温会恢复正常。如果除低烧外精神状态较差，需要及时到医院就诊，因为有极少数的宝宝在接种疫苗后可能会发生乙性脑炎。