肝管内结石怎么治疗，要取决于结石的数量、位置、是否引起了相应的改变。如果结石的数量较小，并没有引起任何的症状，肝脏的复查也没有任何改变，可以先观察，定期随访，饮食上以低脂肪、低胆固醇的食物为主，禁忌油腻、油炸、辛辣、刺激的食物。
如果肝管内的结石引起了反复的右上腹闷痛、黄疸、发热的胆道感染的症状，或者引起了肝内的脓肿、局部的肝脏萎缩、胆汁性肝硬化等等时，建议要进一步给予消炎，对症解痉的处理，必要的时候需要考虑手术切除，才能有效去除病灶、通畅引流，防止复发。
只有在积极手术治疗的情况下，才能够预防反复炎症发作，而引发的后期肝内胆管癌的风险。