由于肛门周围的神经比较丰富，所以患有肛肠疾患的患者常常忍受着剧烈的疼痛。对于需要手术治疗的患者，总是担心手术时和手术后会不会疼痛。随着医疗水平的提高，肛周脓肿的手术技术和治疗方法已经今非昔比。肛周脓肿的手术可以选择局部麻醉、骶管麻醉或者腰麻，在手术当中操作的时候，患者没有明显的疼痛感觉，不然手术无法进行。
疼痛大多在术后，其实手术对肛门部本身是一种创伤，因为肛门部神经分布致密，神经、肌肉相连密切，手术破坏了皮肤组织的完整性。在手术以后，麻醉作用消退，病人会恢复痛觉，尤其是在换药的时候疼痛症状会加重。术后短期内可以给予规律的镇痛药物，降低痛阈，减轻疼痛程度。在围手术期间应该预防创面的刺激和感染，因为创面的刺激和感染也会导致疼痛加重，大便后坐浴也是非常有效的止痛方法。多种手段进行疼痛干预，基本上保证了患者在术中和术后的疼痛明显减轻，能大幅度提升患者的生活质量。