三个月的宝宝睡觉的时候总是摇头，一般常见于以下几方面原因：
第一、由于宝宝缺乏维生素D或者是缺乏钙导致的佝偻病，这时宝宝可以出现在睡觉时总是摇头，伴有多汗、枕秃、夜间睡眠不安稳、频繁夜间惊醒、哭闹等症状。同时，还可以伴有肋缘外翻、鸡胸、漏斗胸等症状。
第二、部分孩子是由于头面部、后枕部，以及颈部有湿疹、热痱子，引起局部出现瘙痒的症状。这时孩子在睡觉的时候会通过摇头来摩擦枕套，来缓解局部瘙痒的症状。一般皮疹消退之后，摇头的症状也会随之消失。
第三、部分孩子除外上述因素，要注意是否有婴儿癫痫的可能，需要及时领孩子到医院化验，头部CT和脑电图检查。