肛门里面隐约痛多是由于肛周疾病引起的，包括内痔、直肠息肉、肛窦炎等。
首先，内痔会引起肛门里面隐约疼痛的现象，内痔是发生于肛管齿状线之上的痔疮症状，并且会形成痔核，刺激周围黏膜引起肛门胀痛、便血的现象。
其次，直肠息肉也会引起这种现象，直肠息肉症状的出现，主要是由于细菌反复感染，导致直肠黏膜向内增生引起疼痛，这种疼痛感会在排便时加重，有时甚至会引起直肠脱垂的现象。
此外，肛窦炎也会引起肛门疼痛的现象，由于肛窦所处的位置比较特殊，很容易受到细菌感染而出现增生，甚至是发炎的现象，引起肛门内侧出现疼痛、瘙痒的现象。