手足口病早期可以使用α-干扰素进行喷雾或者是雾化，因为抗病毒药物一般在发病24-48小时之前使用效果最佳。利巴韦林静脉滴注早期使用也有一定的效果，但是由于利巴韦林的不良反应以及毒副作用过大，目前不建议使用。
手足口病，目前认为并没有特效的抗手足口病病毒的药物以及特异性的治疗手段。所以，目前的治疗主要是以对症治疗为主，降温、镇静，防止出现高热惊厥。同时一旦发生手足口病，要注意隔离，避免交叉感染、清淡饮食、做好口腔和皮肤的护理，积极控制体温以免孩子出现高热惊厥。