肛门囊肿没有明显的症状，仅在肛门周围形成囊性包块，如患者出现囊肿感染或囊肿巨大，会引起肛门区坠胀不适，或伴有疼痛、烧灼症状。当囊肿较大时会在排便时从肛门突出，排便后囊肿缩小，如伴有血管破裂出血或形成血栓，则会出现疼痛症状。
肛门囊肿还会引起粪便形状改变，如大便变形、变细。囊肿继发细菌感染会出现剧烈的疼痛症状，难以忍受，局部伴有红肿、发热、坠胀不适、里急后重等症状。如感染较重还会伴发全身感染症状，如寒战、高热、食欲不振等全身中毒症状。