扁桃体化脓的治疗大多数需要用青霉素类消炎药，口服或者静脉输液。扁桃体化脓大多数是细菌感染引起的，以球菌类的为主，链球菌更常见，敏感的抗生素是青霉素类，需要做青霉素皮试。
皮试阴性的患者根据炎症的轻重情况，可以口服或者静脉输青霉素类的抗生素，可以同时用抗厌氧菌的消炎药。如果化脓、分泌物比较多，可以用1.5%的双氧水漱口，同时结合雾化吸入、中成药治疗等。
对于病毒感染引起的扁桃体化脓，可以用漱口、雾化吸入、含片、喷嗓子的喷剂的方法等。如果症状严重，结合血象、化验的情况，可以口服或者静脉用抗病毒的药物。