男性射精的时候出现疼痛的症状，是由于精囊或者是输精管道的病变所引起，比如精囊囊肿、射精管狭窄、精囊炎、精囊结核、精囊结石、精囊肿瘤等疾病。其中最常见的是精囊炎，包括急性精囊炎和慢性精囊炎。急性精囊炎的症状主要表现为尿频、尿急、尿痛，以及会阴部疼痛、不适，同时伴有射精疼痛和血精的症状，严重的时候还会引起全身的症状，比如发热、寒战、乏力等症状。
如果是慢性精囊炎，主要的症状是血精和尿频、尿急、尿痛等症状。还有精囊周围的病变，比如前列腺炎、前列腺结石、附睾炎、尿道狭窄等病变，也会引起射精疼痛。