肠化生患者可以通过吃中药进行治疗，大部分可以根治，取决于患者的自身状态。
肠上皮化生的治疗方式和萎缩性胃炎相似，主要是针对于不同的证型选择不同的中药，像脾胃虚弱可以选择半夏泻心汤，肝胃不和可以选择柴胡疏肝散，脾胃虚寒可以选择良附丸，胃阴不足可以选择沙参麦冬汤等，这些中药方剂的合理应用对于纠正肠化生出现的症状，有很大的益处。
临床上需要在医生的指导下合理的加减用药，疗效会更加理想，最好是配合西药共同针对于肠化生进行调治。