结膜炎伴随发烧通常考虑可能是病毒性结膜炎，出现眼部症状以后，考虑到医院眼科门诊就诊，建议用抗病毒药物治疗，比如阿昔洛韦滴眼液点眼，晚上临睡前用更昔洛韦眼用凝胶。如果发现合并细菌感染时，可以加用氧氟沙星滴眼液，同时口服清热解毒类的中成药物，比如双黄连口服液、清热散结胶囊。
出现发热的症状，需要医院内科就诊，同时监测体温的情况。如果体温在38℃以下，可以考虑物理降温，如果体温超过38.5℃，需要使用退热药物治疗，另外还需要进行血常规、C反应蛋白等检查，如果发现继发性感染出现白细胞升高，还需要进行抗生素输液治疗。