打嗝有一股发酵的臭味，表明消化不良和胃内存在菌群失衡，机体出现消化不良，胃内的食物排空会受到影响，在胃内长时间存留，由于胃内的食物和胃酸在混合后发酵，食物在发酵过程中产生气体，通过打嗝的方式排出体外，打嗝时会带有一股发霉的臭味。
部分人因为患有胃部疾病导致胃内菌群失衡，尤其是厌氧菌过多对胃壁造成刺激，导致胃壁痉挛、收缩引起打嗝症状，同时厌氧菌是比较臭的，打嗝时会带有发臭的味道。在治疗上，主要是通过服用益生菌、甲硝唑等药物进行治疗，由于甲硝唑对胃部有刺激性，应在饭后半小时再服用。