精子头部缺陷是属于精子畸形的一种类型，引起的原因有泌尿生殖道的感染，比如慢性前列腺炎、睾丸附睾炎、精囊炎。
还与流行性腮腺炎导致的并发症有直接的关系，附睾结核、精索静脉曲张等也会导致这种畸形的发生。
长期使用化学药物或者激素类的药物，也会引起精子头部缺陷畸形。
跟个人的生活习惯有一定的关系，比如穿过紧的裤子、长期处于高温环境下，或者长时间久坐，导致精子所生成的部位睾丸附睾长期处于高温环境，会引起精子出现畸形。
精子的畸形率高对正常的受孕有一定影响，要及时的查找原因进行治疗。