治疗脑血栓形成的药物，主要包括输液治疗的药物以及口服治疗的药物，其中在脑血栓形成的急性期、恢复期以及后遗症期各有不同。如果是脑血栓形成的急性期，通常会有比较严重的脑水肿，可能会用到20%的甘露醇静脉点滴控制脑水肿，也可以用人血白蛋白协同脱水降颅压。如果需要急诊溶栓，可能还要用到尿激酶、链激酶，也可以用一些清除氧自由基的药物，例如依达拉奉；营养脑神经的药物，包括奥拉西坦、单唾液酸神经节苷脂。病情稳定进入恢复期和后遗症期，主要是口服阿托伐他汀钙以及阿司匹林。