非细菌性前列腺炎在临床上称为Ⅲ型前列腺炎，具体又分为3A型和3B型。3A型前列腺炎大多数先使用抗生素治疗，比如口服左氧氟沙星等喹诺酮类药物2-4周，根据症状是否减轻决定是否继续应用抗生素，如果有效推荐总的疗程是4-6周。3B型前列腺炎不推荐使用抗生素治疗，首选α受体阻滞剂，比如坦索罗辛、多沙唑嗪、特拉唑嗪、赛洛多辛等等，疗程通常建议要长一些，要3个月以上。
其次可以使用植物制剂，比如说普适泰、锯叶棕果实提取物。前列腺炎导致疼痛症状明显者，推荐使用非甾体类抗炎镇痛药，比如布洛芬等。另外尿频、尿急症状明显者，可以使用M受体阻滞剂，比如托特罗定、索利那新等。另外前列腺炎往往伴有焦虑、抑郁，可以配合使用抗焦虑以及抗抑郁的药物。中医中药对于前列腺炎，特别是非细菌性前列腺炎也有很好的治疗作用，常用的比如癃清片、前列舒通、癃闭舒、前列康等。