长期缺氧可导致外周化学感受器敏感性降低，肺通气能力下降，造成呼吸抑制、呼吸节律不规则，发生中枢性呼吸衰竭。长期缺氧还可以导致肺小动脉持续收缩，使肺循环阻力增加，引起肺动脉高压，最终造成右心功能衰竭。
长期心肌缺氧，可以造成心肌的收缩和舒张功能下降，引起心动过缓、早搏，严重时会诱发室颤等恶性心律失常的发生。血液系统长期缺氧，可造成红细胞数增多，引起血液粘稠度增高，血流阻力增加，从而增加心脏负担。神经系统长期缺氧会表现为注意力不集中、嗜睡、容易疲劳，以及精神抑郁等症状。