脐尿管囊肿的主要治疗方法为手术治疗，若为单纯性囊肿时，可行脐尿管囊肿切除术。术后需结合抗生素控制感染，如头孢、青霉素等，也可使用对乙酰氨基酚等非甾体类抗炎药物解热、镇痛、消炎。
一、药物治疗
1、抗生素：在脐尿管囊肿合并感染时，或者术后为预防感染的发生时，可利用头孢、青霉素等抗生素治疗和预防感染，以静脉用药为好。
2、对乙酰氨基酚：对乙酰氨基酚等非甾体类抗炎药物具有解热、镇痛、消炎的作用，可以帮助缓解患者的疼痛感，以及消除炎症等。
二、手术治疗
1、脐尿管囊肿切除术：当脐尿管囊肿为单纯的囊肿，未合并感染时，可行脐尿管囊肿切除术，尽可能切除完全，术后使用抗生素预防感染的发生。
2、脐尿管脓肿切开引流术：当脐尿管囊肿合并感染后，产生脓肿时，可行脐尿管脓肿切开引流术引流脓液，将脓液排除、炎症消退后，再行脐尿管囊肿切除术切除囊肿。