膝盖下蹲时酸痛可以由以下几种原因引起：
1、膝关节的滑膜炎，膝关节滑膜炎严重时，可以有膝关节的疼痛以及肿胀、积液的形成，可以有下蹲时酸痛的症状，这时要检查膝关节的核磁共振以及彩超来诊断和治疗；
2、类风湿性的关节炎，类风湿性的关节炎也可以有膝关节的酸痛，常为下蹲或者是晨起时酸痛比较明显，这时要做血的化验以及拍摄膝关节的核磁共振、X线片来诊断和治疗；
3、骨性关节炎，当膝关节由于退变或者是骨折之后继发关节炎，可以有下蹲时膝关节酸痛的症状，这是由于骨性关节炎累及了周围的软组织，导致下蹲时膝盖的酸痛，这时要检查膝关节的X线片以及CT来诊断和早期的治疗。