后半夜咳嗽最常见的原因是咳嗽变异性哮喘、变异性咳嗽或者过敏性咽炎等等，也可以见于咳嗽时痰多的患者，比如支气管扩张、慢性阻塞性肺疾病急性加重、肺部感染等等。白天的时候由于直立，痰沉在下面，不容易咳出来，夜间睡觉的时候痰会上来，因此就会出现后半夜咳嗽、咳痰的情况。
如果是咳嗽变异性哮喘，用口喷激素或者口服激素加β2受体激动剂，比如沙美特罗替卡松粉吸入剂、布地奈德福莫特罗粉吸入剂等等，必要的时候也可以用白三烯受体拮抗剂，比如孟鲁司特。如果出现了变异性咳嗽，一般是用口喷激素，必要的时候也可以用口服的激素。如果是过敏性咽炎，用抗过敏的药物就可以。
如果是由于咳嗽、咳痰，痰比较多造成的后半夜咳嗽，是慢阻肺急性加重、肺部感染等等疾病所引起，可以根据引起急性加重不同的原因，比如细菌、病毒、支原体、衣原体感染等等，来采用相应的药物进行治疗。如果是处于稳定期，患者可以采用中医中药辨证治疗，比如痰浊内蕴型的咳嗽时痰多，表现为咳嗽咳白黏痰，痰比较多，伴有胸闷、食欲不振、大便偏溏等症状，可以用二陈丸或三子养亲汤加减进行治疗。如果是咳嗽痰比较多、比较黄，而且黏稠不容易咳出来，伴有胸高胁胀、小便黄、大便干、舌红、苔黄腻等症状，属于痰热内蕴，可以给予清金化痰汤或者复方鲜竹沥液、牛黄蛇胆川贝液，来清肺、化痰进行治疗。
