后脑部神经抽痛可以服用营养神经药，如B族维生素和镇痛药物等，营养神经药可使用维生素B1和弥可保等B族维生素进行治疗。除此以外，可加用镇痛药物治疗。
如果疼痛较轻，可先给予非特异性镇痛药，如布洛芬、酮洛芬、消炎痛、阿司匹林、散利痛和去痛片等药物。同时还可以辅助给予镇静催眠药，以及抗组胺药，如苯噻啶、苯海拉明等药物。如果症状较为严重，可使用特异性镇痛药物，如曲普坦类药物进行治疗。这些药物治疗的时间每个月都不要超过10天，以免形成药物依赖。