一般腰椎间盘突出微创手术风险相对较少，手术风险的大小其实跟医生操作的熟练度、进行的手术例数以及医院的病源量各方面都有关系，所以并不能一概而论。
腰椎间盘突出微创手术的风险，以椎间孔镜技术为例，主要可以包括在手术当中损伤到神经根或脊髓，引起下肢疼痛加重或下肢肌力减退，术中引起血管出血，则可能会出现术后的椎管内血肿，引起脊髓的压迫。术中发生骨折，特别是骨质疏松的病人在穿刺时发生椎弓根的骨折。另外，还可以出现手术切口感染等。