脑CT和脑电图是不一样的，脑CT主要是了解大脑的形态和结构，比如有没有脑肿瘤，如果有是良性还是恶性。有没有脑梗塞、脑出血，有没有脑萎缩、脑水肿或者脑积水。也能够同时看到颅骨的变化，比如有没有骨折。除了了解到大脑的情况之外，脑CT还能同时看到鼻腔、鼻窦以及眼睛的变化，比如最常见的鼻窦炎、鼻中隔弯曲等等，都可以通过脑CT发现。
脑电图看不到大脑的形态和结构，只能记录脑电波，脑电图在癫痫、脑炎等诊断方面具有很重要的意义。脑CT有一定的X线辐射，而脑电图不会有辐射。脑CT和脑电图应用都比较广泛，在某些疾病中这两个检查可以互相补充，提高诊断的准确率。