肛镜检查中只要患者能积极配合医生的操作手法，一般都能够顺利完成，疼痛完全能够忍受。
对于肛周疾病的诊疗手段中，肛镜检查非常必要，但患者通常对这类检查有一定的心理恐惧。在检查之前医生常会对患者的肛门，进行局部的按摩和扩肛。在扩张之前，有时还会应用一些局部的凝胶类麻药，来减少肛周的刺激。通过扩肛，肛周的肌肉处于松弛状态。在这种情况下，会置入肛门镜，进行肛内的病变检查。整个操作过程中，由于进镜并不会很深。即便取活检，也由于肠道本身的生理特性，患者不会感到过于的疼痛。
在进行肛门镜检查以前，患者要尽量的去排空大便。以免肠腔内有过多存便，而影响肛门镜的观察。医生要告诉患者保持放松，避免精神紧张，摆好检查体位以后，等待医生进行检查。