女性做肠镜检查首先要避开月经期，因为月经期做肠镜检查容易导致逆行感染，引起妇科的炎症性病变或者盆腔炎。此外如果月经期行肠镜检查，在取组织病理活检或者做息肉切除时，会因为月经期间凝血功能存在一定的障碍，导致术后有出血风险加重。
在检查前三天左右要进食流质，尽量地避免进食坚果、促纤维的食物，而影响检查之前的肠道清理。检查当天需要清肠准备，将肠道内的粪便和食物残渣排空，有利于顺利的完成检查。
对于有心脏、脑部基础疾病的患者，需要做相关的评估，以免在检测过程中并发心脑血管意外，也就是在无痛肠镜检查时要对相关的、潜在的基础疾病进行评估，以免出现不必要的并发症。对于有腹部手术史或者长期便秘的患者，最好是选择无痛检查，因为这类患者在做肠镜检查过程中，腹部的疼痛、腹胀会比较明显。