对于耐青霉素肺炎链球菌，可以采用抗生素来进行治疗，比如大环内酯类的抗生素，还有头孢类、喹诺酮类的抗生素进行治疗，常用药物有阿奇霉素、头孢曲松、莫西沙星。除了使用抗生素治疗以外，还应该同时去给患者做痰培养，根据药敏检查结果更换合适的抗生素，需要注意的是青霉素不能够治疗耐青霉素、肺炎链球菌。必要的时候可以根据药敏试验结果，选择两种抗生素同时进行治疗，比如头孢联合阿奇霉素治疗，如果患者合并病毒感染，只需要加入抗病毒药物联合治疗。