肛瘘需要手术才能治愈，其他输液或外用药物的保守治疗只能在一定程度上缓解症状，不能使治愈疾病。肛瘘一般继发于肛周脓肿，肛周脓肿破溃后形成原发性或继发性外口，加上中间瘘道就形成了完整的肛瘘。有的肛周脓肿切开引流后，因引流不通畅也会形成肛瘘。长时间炎症刺激有可能会导致肛瘘出现癌变，但几率很小，所有肛瘘患者建议尽快手术治疗。
肛周脓肿患者在肛门齿线上存在原发性内口，进入致病菌后会引起肛门周围组织化脓、感染，肛周脓肿破溃后会形成肛瘘。