牙齿牙根发黑时可以采取以下几种治疗方案：
1、如果牙根面发生龋坏或牙颈部存在的楔状缺损、形成继发龋坏时，可以使用低速球钻缓慢磨除腐坏牙体组织，制备洞形、保护牙髓后，使用复合树脂或玻璃离子水门汀进行充填和修补。
2、如果牙冠部存在龋洞或隐裂纹，造成牙髓感染坏死、牙齿颜色变黑，可以磨开髓腔摘除坏死的牙髓，根管消毒后完成根管充填并封闭窝洞。根管治疗后的牙齿颜色过黑、影响美观时，可进行牙体预备、制作全瓷或烤瓷牙冠恢复。