尖锐湿疣药物治疗的方式有两种：一个是口服药；另一种是外用药。尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒感染而引起泌尿生殖道的疣状增生，其致病微生物是病毒，所以治疗以抗病毒为主，可以选用盐酸伐昔洛韦颗粒或者泛昔洛韦片。
患者可以选择具有提高免疫力的药物，像溶菌酶肠溶片、转移因子胶囊、脾氨肽牛脾肽饮品等。如果尖锐湿疣反复不愈，最好是疣体基底部注射干扰素，用微波清除，此外也可以疣体表面外用干扰素软膏。