5-羟色胺存在大脑皮层以及外周组织都存在，通常情况下5-羟色胺减少多见于焦虑、抑郁、睡眠障碍等疾病，长期处于烦躁、易怒、焦虑不安的情况下，容易导致大脑神经递质的活动频繁，还有不合理的休息、不规律的生活，会出现大脑的5-羟色胺合成减少。
因为5-羟色胺主要在睡眠当中，睡眠时间保证和睡眠质量保证的情况下，才有足够的时间生成，而长期的失眠、脾气暴躁等情况会使得5-羟色胺出现供不应求，5-羟色胺浓度下降而造成相应的症状，如可以有消化道的症状以及大脑中枢的症状。