胃间质瘤不一定就是恶性肿瘤，它主要是包括从良性肿瘤到恶性肿瘤的各个发展阶段。其胃间质瘤危险度的评估主要是与原发肿瘤的部位、肿瘤的大小、病理性核分裂像以及是否发生破裂等因素密切相关的，也是影响肿瘤危险度评估和分级的一个重要因素，因此，并不是单纯的就是恶性肿瘤。
当肿瘤体积比较小时，出现复发或转移的风险率也比较低，偏向于良性肿瘤。而当肿瘤增生、增长到一定程度，肿瘤细胞生长比较活跃，则发生恶性的风险度比较高，也预示着肿瘤容易出现复发和转移。因此，不能够单纯的认为胃间质瘤就是恶性肿瘤，要根据其病情发展状况而给予综合性的评估。