甲硝唑注射液在输注的时候通常容易出现不良反应，可能会有15%-30%的患者出现。最常见的是消化系统的恶心、呕吐、食欲不振、腹痛等症状，症状不严重通常是不需要停药的，还可能会出现神经、精神系统的症状，包括头晕、头痛或者肢体麻木甚至视神经炎等。剂量用得比较大，可能导致出现抽搐的情况，少数患者可能发生过敏性皮疹，包括皮肤发红、瘙痒、荨麻疹等。还可能会出现尿路感染、排尿困难等泌尿系统的症状，或者白细胞减少等情况。一般都是可逆的，在停药之后通常都是可以自行恢复的。