喝完咖啡拉肚子与胃肠神经官能症、胃溃疡、慢性肠炎有关，部分人身体上会伴随有胃肠神经官能症，这些人应当以清淡饮食为主，避免吃刺激性食物。咖啡虽然是一种饮品，但确实属于刺激性饮品，咖啡进入消化系统中会对消化系统黏膜造成刺激，从而诱发胃肠神经官能症的发作。胃肠神经官能症在发作期间肠道蠕动亢进、功能受损，所以会出现拉肚子。部分人胃内本身存在有胃溃疡疾病，这些人在喝咖啡时由于咖啡中含有大量咖啡因，会刺激胃腺分泌出大量胃酸，过多的胃酸进入到肠道中会对肠道系统造成刺激，这时就会诱发拉肚子的表现。慢性肠炎的病人喝完咖啡后由于咖啡对肠道黏膜造成刺激，因此会诱发疾病发病而出现腹泻的现象。