输尿管体外碎石后最常见的后遗症，就是大块结石变成小块结石，形成所谓的石街，导致一块结石也不能排出，导致患者尿液不能顺畅流下，患者会出现腰痛、发热的症状，所以体外碎石对输尿管结石的大小有一定的要求。
此外，输尿管上段结石，近肾盂输尿管交界处，碎石后肾脏可能会受到体外冲击波碎石的损伤，所以如果能量过大或者频率过多，都会导致肾脏损伤，严重的甚至可以出现肾脏破裂。