心脏核磁共振是无创的成像技术，检查过程中不产生辐射，磁共振对软组织对比的分辨率很高，是心内科常用的检查方法。可以对心肌病变进行检查，比如对扩张型心肌病和心肌致密化不全鉴别诊断价值很高，对于肥厚型心肌病可以鉴别是遗传性还是心脏淀粉样变。
对于心肌炎，根据心脏核磁共振的损伤结合症状就可以确诊，对于大血管疾病，心脏核磁共振可以分辨动脉瘤、主动脉夹层、大动脉炎。对于心包类疾病，心脏核磁共振可以清晰显示心包积液量和具体分布，对于缩窄性心包炎或者心包内占位性病变，心脏核磁诊断都优于心脏超声，对于心脏各部位肿瘤鉴别诊断也比心脏超声价值高。