在牙髓病或根尖周病治疗过程当中，若使用药物不当，药物会成为化学刺激而引发根尖周炎，就称为药物性或化学性的根尖周炎。
例如在露髓处封亚砷酸时间过长，或亚砷酸用于年轻恒牙，砷就有可能扩散到根尖孔以外，引起药物性的根尖周炎。
另外在根管内放置腐蚀性药物，如酚类和醛类制剂过多，特别是在治疗根尖孔较大的患牙时，药物也可能溢出根尖孔，而引起药物性根尖周炎。
另外，在进行根尖周围组织充填的时候，有根充材料或者胆固醇晶体以及食物残渣等异物，都可以引起异物反应，可以导致持续性的根尖周炎。
比如银汞颗粒、水门汀颗粒、复合树脂颗粒超出根尖孔，都可以引起药物性的根尖炎。