咽拭子不仅可以做病毒核酸检测，还可以涂片查细菌、真菌、结核等微生物，咽拭子主要目的是从咽部和扁桃体处取分泌物做相关病原学培养，或者是病毒的分离，可以帮助判断是哪种病原菌感染导致的疾病。
具体步骤是清晨用淡盐水漱口，然后将口腔的杂菌清除掉，准备好贴好标签的试管，然后嘱病人张口发啊的声音，暴露咽喉部，然后用长棉签轻柔的擦拭两侧腭弓和咽扁桃体上的分泌物，取完后将棉签插入管口消毒后的试管，塞紧，然后及时送检。操作过程中要注意管口消毒，保持容器无菌，最好在使用抗菌药物之前来采集标本。