医用外科口罩的防护功能比医用口罩强，主要使用的环境是临床手术环境，主要是保护医护人员的安全。
医用外科口罩可以阻挡70%的病原菌，可以阻隔90%5μm的颗粒，适用于医务人员或者相关人员的基本防护，以及在有创操作过程中，阻止血液体液和飞溅物传播的防护，医务人员在进行外科手术、诊疗活动时佩戴。
而普通的医用口罩不要求对血液有阻隔作用，也没有密合性要求，一般缺少对颗粒和细菌的过滤要求，或对颗粒细菌的过滤效率低于医用外科口罩。主要用于普通环境下的一次性卫生护理，也可以用于医疗机构的一般环境。